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XVIème siècle
A cette époque, l'agriculture et la pêche dominent la vie économique, on voit également apparaître une minorité de paysans relativement aisés.
Anne de Bretagne et le rattachement à la France
Le siècle s'ouvre sur un bouleversement politique majeur pour la Bretagne. Anne de Bretagne (1477-1514), dernière duchesse d'un duché encore indépendant, hérite du pouvoir à la mort de son père François II en 1488, au lendemain de la défaite bretonne de Saint-Aubin-du-Cormier qui met fin à la « Guerre folle ». Pour préserver son duché, elle épouse successivement deux rois de France : Charles VIII en 1491, puis Louis XII en 1499.
À sa mort en 1514, ses droits passent à sa fille Claude de France, épouse de François Ier. C'est sous ce règne que l'union est scellée : en 1532, les états de Bretagne réunis à Vannes votent le rattachement du duché au royaume, l'édit garantissant toutefois le maintien de ses privilèges — états provinciaux, exemptions fiscales et coutume propre.
Pour le Cap-Sizun comme pour le reste de la Cornouaille, ce basculement se fait sans rupture brutale : les paroisses, les seigneuries locales — Kerharo, Kéridiern — et les coutumes demeurent. C'est dans cette Bretagne désormais liée à la couronne que s'élèvent, à Cléden, les grands chantiers religieux du siècle.
Le temps des chapelles
Le XVIème siècle est aussi celui des grands chantiers religieux. La chapelle Saint-Trémeur, qui domine Trougennour, porte sur sa façade une longue inscription gothique en breton datant sa fondation de 1538. C'est également de ce siècle que datent, à l'église paroissiale, le portail sud de style gothique flamboyant et le clocher, inspiré de celui de Pont-Croix.
1588-1598 : guerres de la Ligue
Cette guerre de religion démarre par l'assassinat du Duc et du Cardinal de Guise perpétré au château de Blois par le roi Henri III. Suite à ce crime, deux partis s'opposent : d'un côté, la Ligue, commandée par le duc de Mercoeur, dont le but était de défendre le catholicisme contre l'hérésie protestante qui déferlait sur la Chrétienté; de l'autre ceux qui soutiennent le Roi, les Royaux.
Les répercussions de la Ligue se vécurent dans toute la France. Des bandes de brigands profitent de la mise à mal de l'autorité royale et de toute police en général pour dévaster châteaux, villages et récoltes. Parmi les brigands les plus connus, La Fontenelle sillonne la Bretagne, le Finistère et notre Cap-Sizun. La tradition affirme que la Fontenelle et ses partisans firent de fréquentes incursions dans ces parages (de la pointe du Van); elle les accuse même d'avoir volé la croix d'or de l'Eglise de Cléden, et d'avoir établi un de leurs repaires au Castel-Meur 1. Le camp (de Castel-Meur) était l'une de de ses places d'armes. De là il se lançait à la tête de ses bandits sur les bourgs, sur les châteaux fortifiés, sur les villes murées de la Cornouaille. Son camp lui offrait une retraite assurée lorsqu'il se trouvait trop pressé par ses ennemis 2.
1. Daniel BERNARD, « Études sur le Cap-Sizun. À propos de la chapelle de Monsieur Sainct-They, en Cléden-Cap-Sizun », Bulletin de la Société archéologique du Finistère, 1910, p. 145-160.
2. Selon un professeur de la faculté de Médecine de Paris, 1843

